关于“农村宅基地使用证国土有存根吗？有效吗？”的问题，我可以给出以下解答：
首先，农村宅基地使用证在国土部门通常是有存根的。这是因为宅基地使用证是农村村民合法使用宅基地的重要凭证，其发放和登记都需经过严格的法定程序，并在国土部门进行备案和存档。
其次，农村宅基地使用证在符合相关规定和条件下是有效的。具体来说：
有效期限：宅基地使用证的有效期与土地使用期限相关。在我国，农村宅基地属于集体所有，农民享有宅基地的使用权。只要农户存在且符合宅基地使用条件，宅基地使用证就一直有效。但如果农户出现家庭成员减少、宅基地闲置等情况，可能会面临宅基地被集体收回的情况，此时宅基地使用证的效力也就终止了。
法律效力：宅基地使用证是农村村民合法使用宅基地的法律凭证，具有明确的法律效力。在涉及宅基地的权益纠纷、拆迁补偿等情况下，宅基地使用证是维护农户合法权益的重要依据。
综上所述，农村宅基地使用证在国土部门有存根，且在符合相关规定和条件下是有效的。如果农户对宅基地使用证有任何疑问或需要办理相关手续，建议及时咨询当地国土部门或专业律师，以确保自身权益得到合法保障。