农村土地证丢失后，一般是有存根的。以下从不同角度为你详细分析：
存根的存在情况
档案管理角度：
- 农村土地证，作为确认土地使用权的重要法律文件，其发放和管理通常由当地的土地管理部门（如国土资源局或自然资源局）负责。
- 在发放土地证时，管理部门会保留一份存根或副本作为档案，以备后续查询、核对或补发之需。这份存根通常包含了土地证的所有关键信息，如土地位置、面积、使用权人等。
实际操作角度：
- 如果你不慎丢失了农村土地证，首先应尽快到当地的土地管理部门（或相关档案管理部门）查询是否有存根或副本。
- 在查询时，你需要提供相关的身份证明和土地信息，以便管理部门能够准确找到你的土地证存根。
补办流程与注意事项
补办流程：
- 查询存根：如前所述，首先到土地管理部门查询土地证存根。
- 填写申请表：根据管理部门的要求，填写土地证补办申请表，并提交相关证明材料（如身份证明、土地信息等）。
- 审核与公告：管理部门会对你的申请进行审核，并在必要时进行公告，以确保没有争议或异议。
- 补发土地证：审核通过后，管理部门会补发新的土地证给你。
注意事项：
- 及时补办：一旦发现土地证丢失，应尽快补办，以免因时间拖延而引发不必要的麻烦或纠纷。
- 保护个人信息：在补办过程中，注意保护个人信息的安全，避免泄露给不法分子。
- 遵守法律法规：在补办土地证的过程中，应遵守相关的法律法规和程序要求，确保补办的合法性和有效性。
特殊情况处理
- 如果存根也丢失或损坏：在这种情况下，你可能需要提供其他证明材料来证明你对土地的使用权，如土地承包合同、土地流转协议、村委会证明等。这些材料应能够充分证明你对土地的合法使用权，以便管理部门能够为你补发土地证。
- 如果土地权属存在争议：在土地权属存在争议的情况下，补办土地证可能会更加复杂。你需要先解决土地权属争议，确保自己对土地的使用权无争议后，再按照上述流程补办土地证。
总结与建议：农村土地证丢失后，一般是有存根的。你可以尽快到当地的土地管理部门查询并补办土地证。在补办过程中，注意遵守相关的法律法规和程序要求，确保补办的合法性和有效性。如果你在补办过程中遇到任何问题或困难，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。