当民事案件被错误认定为刑事案件时，应及时采取措施纠正，以保障自身合法权益。具体处理方式如下：

1. 明确案件性质并提出异议：

   • 若确认案件实为民事纠纷，应立即向受理刑事案件的司法机关（如公安机关、检察院或法院）提出异议，详细阐述案件的真实情况与法律性质，说明其应属于民事纠纷而非刑事案件。

2. 司法机关重新审查：

   • 司法机关在收到异议后，会重新审查甄别案件。若确认确属民事纠纷，会依照民事案件程序进行处理，如调解、仲裁或诉讼等。

3. 积极配合调查：

   • 在处理过程中，当事人需积极配合司法机关的工作，提供相关证据和材料，以助力司法机关准确认定案件性质并作出正确处理决定。

4. 及时纠错：

   • 一旦发现民事案件被错误认定为刑事案件，应尽快采取措施纠正，让案件回归正确的法律程序轨道，以避免不必要的法律风险和损失。

5. 法律责任：

   • 如果将民事纠纷伪造成刑事案件，涉嫌诬告陷害罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，捏造事实诬告陷害他人，意图使他人受刑事追究，情节严重的，可能面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制等刑罚。因此，务必确保案件性质的真实性和准确性。

综上所述，当民事案件被错误认定为刑事案件时，当事人应明确案件性质并提出异议，积极配合司法机关的审查工作，并及时采取措施纠正错误，以保障自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。