如果合作协议条款有失公允，那么它可能违反了《中华人民共和国民法典》中关于合同公平原则的相关规定。具体来说：
违反公平原则：
- 《民法典》第四百六十四条规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。
- 《民法典》第五条规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系，同时应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。
- 因此，如果合作协议中的条款对某一方明显不公平，如风险分配不均、利益分配严重失衡等，那么这些条款就可能因违反公平原则而被认定为无效或部分无效。
可能涉及的具体条款：
- 例如，合作协议中约定了一方承担所有风险而另一方只享受收益，或者收益分配极度不均等，这些都可能被视为有失公允的条款。
法律后果：
- 如果合作协议条款被认定为有失公允并违反公平原则，那么这些条款可能无法得到法律的保护和执行。在发生争议时，法院或仲裁机构可能会对这些条款进行调整或宣告无效，以保护合同各方的合法权益。
综上所述，合作协议条款有失公允可能违反《民法典》中的公平原则。在签订合同时，双方应当遵循公平、自愿的原则，合理确定各自的权利和义务，以避免因条款不公而引发的法律纠纷。如果你在具体合同中遇到了这样的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律分析和建议。