针对您提出的“有检疫证但未走指定通道怎么处罚”的问题，我可以给您一个明确的解答。
结论：根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，运输畜禽未走指定通道的行为，将会受到相应的行政处罚，具体处罚措施可能包括罚款等。
分析说明：
法律依据：
- 《中华人民共和国动物防疫法》第五十三条规定了运输动物和动物产品应当遵守的相关规定，其中包括应当按照国务院兽医主管部门规定的动物防疫要求采取必要的防疫措施，并走指定的通道。
- 同一法律的第一百零二条则规定了违反该法规定应承担的法律责任，包括罚款等行政处罚。
实际案例：
- 以北镇某某禽业有限公司运输畜禽未走指定通道案为例，该公司因未遵守指定通道运输畜禽的规定，被北镇市农业农村局农业综合行政执法队依法处以5000元罚款。
处罚措施：
- 具体的处罚措施和罚款数额，会根据违规行为的严重程度、当地的相关法规以及执法部门的裁量基准来确定。
- 除了罚款，还可能面临其他行政处罚，如警告、责令改正等。
法律建议：
- 在运输畜禽等动物产品时，务必遵守国家相关法律法规和规定，特别是关于指定通道的要求。
- 如遇特殊情况需改变运输路线或方式，应及时向相关部门报备并获取批准。
- 如因未走指定通道而面临行政处罚，应积极配合执法部门的调查和处理，并依法承担相应的法律责任。
希望以上解答能对您有所帮助。如有其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。