关于“生态保护红线内的非法占地由谁管理”的问题，我可以明确告诉你，这主要涉及到自然资源主管部门以及生态环境主管部门的职责。

1. 自然资源主管部门：根据相关法律法规，自然资源主管部门（如自然资源部、地方自然资源厅或局）负责土地资源的保护和利用监管。在生态保护红线内，如果发生非法占地行为，自然资源主管部门有权进行调查、处理，并依法对违法行为进行处罚。这包括责令退还非法占用的土地、恢复土地原状、罚款等行政处罚措施。

2. 生态环境主管部门：生态环境主管部门（如生态环境部、地方生态环境厅或局）也负有保护生态环境的职责。在生态保护红线内，如果非法占地行为对生态环境造成了破坏，生态环境主管部门可以依法进行查处，并要求违法者承担相应的生态环境修复责任。

综上所述，生态保护红线内的非法占地行为，主要由自然资源主管部门和生态环境主管部门共同管理。如果你发现或遭遇了此类问题，建议及时向当地自然资源或生态环境主管部门举报，以便他们能够及时调查处理，保护生态环境和土地资源不受侵害。