男人单方面做的亲子鉴定不能作为否认亲子关系的直接证据。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 亲子鉴定的原则：

   • 亲子鉴定应当以当事人双方自愿为原则。如果一方申请亲子鉴定，而另一方拒绝，那么不能强制要求进行亲子鉴定。

2. 单方面亲子鉴定的效力：

   • 单方面采集样本并进行的亲子鉴定，其结果的效力在法庭上可能会受到质疑。因为无法保证样本的真实性、完整性和代表性，也无法确保鉴定过程的公正性和准确性。
   • 如你提到的案例中，男方单方委托进行的亲子鉴定，因女儿拒绝再次鉴定，且男方无法提供其他实质性证据，法院最终并未认定该鉴定结果。

3. 法律对亲子关系推定的规定：

   • 民法典及其司法解释对亲子关系的推定有明确规定，旨在保护妇女儿童特别是未成年人的合法权益，维护亲子关系的稳定。
   • 在否认亲子关系的诉讼中，提出主张的一方应当承担与其主张相适应的证明责任。如果仅凭亲子鉴定被另一方拒绝就认定亲子关系不存在，这可能会违背法律对亲子关系稳定性的保护原则。

4. 建议：

   • 如果男方对亲子关系有疑虑，建议首先与女方进行坦诚沟通，共同协商解决方案。
   • 如果沟通无果，且男方有充分理由怀疑亲子关系，可以在法律框架内寻求专业律师的帮助，通过合法途径申请进行亲子鉴定，并准备充分的证据来支持自己的主张。

综上所述，男人单方面做的亲子鉴定不能作为否认亲子关系的直接证据。在处理这类问题时，应当遵循法律原则，尊重当事人的意愿和权益，确保鉴定过程的公正性和准确性。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。