关于“用工主体责任由谁来认定”的问题，以下是我的详细解答：

结论：用工主体责任的认定主体通常为劳动行政部门，若纠纷进入司法程序，法院也可进行认定。

详细解释：

1. 劳动行政部门的认定：

   • 劳动行政部门在开展劳动监察、工伤认定等执法工作时，会依据相关法律法规来认定用工主体责任。例如，在工伤认定过程中，劳动行政部门会调查职工与用人单位之间的关系，以判断用人单位是否应承担用工主体责任。

2. 法院的认定：

   • 如果双方对用工主体责任存在争议且协商不成，可以通过仲裁、诉讼等方式解决。在仲裁或诉讼过程中，仲裁机构或法院会结合证据和法律规定，对用工主体责任作出最终裁判。

3. 实际案例说明：

   • 以云南某建设工程公司为例，该公司将部分工程分包给不具备用工主体资格的自然人，该自然人招用的劳动者在工作过程中受伤。最终，法院根据相关法律法规，判决云南某建设工程公司承担用工主体责任。这一案例进一步说明了法院在用工主体责任认定中的作用。

法律建议：

• 对于用人单位和劳动者来说，明确用工主体责任至关重要。用人单位应遵守相关法律法规，确保用工的合法性和规范性；劳动者在遭遇工伤或其他劳动纠纷时，应及时向劳动行政部门或法院寻求帮助，以维护自己的合法权益。

• 如果您在用工主体责任方面遇到任何问题或疑问，欢迎随时向我咨询。作为专业律师，我将竭诚为您提供法律支持和帮助。