如果支部书记贪污4万元，但在被告发之前已经退还，处理时法院会综合考虑多方面因素。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据与量刑标准：

   • 根据我国现行法律及相关司法解释，贪污金额在三万元至二十万元之间的，通常会被依法判处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。
   • 贪污数额是量刑的重要依据，但并非唯一因素。

2. 退还贪污款项的影响：

   • 在立案之前主动退还贪污款项，这一行为可以被视为具备从轻或减轻处罚的情节。
   • 退还行为表明了被告人有一定的悔罪表现，这有助于减轻其刑事责任。

3. 法院量刑的综合考虑：

   • 法院在量刑时，会全面考虑整个案件的犯罪事实、情节、被告人的认罪态度、是否存在立功表现等多方面因素。
   • 如果被告人能够积极退赃、认罪态度好，并且有悔罪表现，法院可能会对其从轻或减轻处罚。

4. 可能的判决结果：

   • 在此类情形下，被告人可能会被判处相对较轻的刑罚，甚至有可能适用缓刑。
   • 但最终的判决结果仍需由法院根据实际情况依法作出裁定，具有不确定性。

综上所述，支部书记贪污4万元但在被告发之前已经退还，其处理结果会由法院根据具体情况综合判断。如果被告人能够积极退赃、认罪态度好，并且有悔罪表现，可能会获得从轻或减轻处罚的结果。但无论如何，贪污行为都是违法的，应该受到法律的制裁。如果你或你身边的人面临类似问题，建议尽早咨询专业律师，以便更好地了解法律风险和应对策略。