涉及军事秘密的刑事案件的管辖，主要由军事法院负责。具体来说：
一、军事法院管辖的情形
根据相关规定，对于认定案件基本事实的主要证据涉及军事秘密的刑事案件，由军事法院管辖。这一规定确保了涉及军事秘密的案件能够得到专业、保密的处理，防止军事秘密的泄露。
二、管辖权的确定与移送
管辖权的确定：军事法院在受理案件时，会参照民事诉讼法的相关规定来确定级别管辖和地域管辖。如果当事人住所地省级行政区划内没有可以受理案件的第一审军事法院，或者处于交通十分不便的边远地区，且双方当事人同意由地方人民法院管辖的，地方人民法院可以管辖，但涉及军事秘密的案件除外。
管辖权的移送：如果军事法院发现受理的刑事案件属于地方人民法院管辖，或者地方人民法院发现受理的刑事案件属于军事法院管辖，应当移送有管辖权的法院。在移送之前，双方法院可以先行协商，协商不成的，报请各自的上级法院协商解决；仍然协商不成的，报请最高人民法院指定管辖。
三、特殊规定
对于涉及军事秘密的刑事案件，由于其特殊性，可能涉及国家安全和军事利益。因此，在处理这类案件时，需要严格遵守保密规定，确保军事秘密不被泄露。同时，军事法院在审理这类案件时，也会充分考虑军事因素和国家利益，确保案件的公正、合法、合理处理。
综上所述，涉及军事秘密的刑事案件主要由军事法院管辖。这一规定旨在确保这类案件能够得到专业、保密、公正的处理，维护国家安全和军事利益。如果您或您的亲友面临这类问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解相关法律规定并寻求合适的法律帮助。