农村自家打水井是否违法，需根据具体情况来判断。
合法情况：
- 根据《取水许可和水资源费征收管理条例》第四条，农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水进行农田灌溉，通常不需要申请领取取水许可证。这意味着，在符合当地相关规定和要求的前提下，农民为自家农田灌溉在合理范围内打井取水一般不违法。
- 如果打井是为了家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水，也属于不需要申请领取取水许可证的情形。
可能违法的情况：
- 若打井行为涉及地下水资源的开采，且未依照相关法律法规进行申请和审批，即未办理取水许可手续，则构成违法行为。
- 在地下水超采区、水源涵养地等生态脆弱地区违规打井，导致地下水位下降、生态平衡破坏等环境问题，也属于违法行为。
- 打井过程中若因选址不当等原因，对相邻土地的使用人或其他村民的合法权益造成侵害，如导致相邻土地塌陷、影响他人原有水源等，这种行为可能构成民事侵权，并可能违反相关法律法规。
建议与指导：
- 在决定打井之前，建议农民先向当地水行政主管部门了解相关法律法规和政策要求，确保打井行为符合规定。
- 如需开采地下水资源，应依法申请领取取水许可证，并缴纳水资源费。
- 打井过程中应注意保护生态环境，避免过度开采造成生态环境破坏。
- 同时，应尊重他人权益，确保打井行为不会对相邻土地的使用人或其他村民的合法权益造成侵害。
综上所述，农村自家打水井是否违法取决于多个因素，包括是否依法办理了取水许可手续、取水的具体来源和用途，以及是否对生态环境和他人权益造成损害等。因此，在进行打井行为前，建议农民务必了解并遵守相关法律法规和政策要求。