在代理业务中，差额和全额的主要区别在于计税依据的不同。下面我将详细解释这两者的区别：
差额征税：
- 定义：差额征税是以差额作为销售额，确认缴纳增值税。即纳税人以实际取得的全部价款和价外费用扣除支付给其他纳税人的规定项目金额后的余额为销售额计算缴纳增值税。
- 实例：如果企业取得了100万的收入，但又支付给第三方60万元，且企业经营的是属于税法规定的特定业务，那么可以用100万扣除支付给第三方的60万，用差额40万元作为销售额计算税额。
- 适用范围：差额征税适用于金融商品转让、旅游服务、航空运输服务、经纪代理服务、客运场站服务、劳务派遣服务、人力资源外包服务、融资租赁服务、融资性售后回租服务、建筑服务以及房地产企业销售房地产项目等。
全额征税：
- 定义：全额征税是以企业销售（经营）收入全额为计税依据，按照收取的全部价款和价外费用金额乘上相应税率计税缴纳流转税（如营业税、增值税等）的一种计税方法。
- 特点：全额征税不能抵扣相关成本费用，是一种较为直接的计税方式。
- 选择：对于同一业务，通常不能同时选择全额纳税和差额纳税，但某些特定业务（如劳务派遣服务）可能有例外。
综上所述，差额征税和全额征税的主要区别在于计税依据的不同。差额征税以实际取得的收入扣除支付给其他纳税人的规定项目金额后的余额为计税依据，而全额征税则以企业销售（经营）收入全额为计税依据。在选择计税方式时，需要根据具体的业务类型和税法规定来确定。如果您在代理业务中遇到具体的税务问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。