承诺达标合格证确实有存根。根据相关规定，承诺达标合格证的开具主体，如农产品生产企业、农民专业合作社等，在开具合格证后，需要通过拍照、复印、留存根等方式将合格证保存两年。同样，从事农产品收购的单位或个人在收购农产品时，也需收取并保存承诺达标合格证，并在其收购的农产品进行混装或分装后销售时，按照规定开具新的承诺达标合格证，这些合格证同样需要保存两年。农产品批发市场也需建立健全农产品承诺达标合格证查验等制度，并通过拍照、复印、留存根等方式将相关合格证保存两年。

这样的规定旨在强化农产品质量安全全过程监管，实现农产品质量可追溯，确保消费者能够购买到安全、合格的农产品。因此，无论是生产者、收购者还是市场开办者，都需要严格遵守相关规定，确保承诺达标合格证的开具和留存工作得到有效执行。