工作12年的员工被辞退时，关于补偿金的问题，主要分以下几种情况：

1. 合法辞退且符合补偿情形：如因经济性裁员等原因，用人单位需按工作年限每满一年支付一个月工资作为经济补偿。因此，工作12年的员工将获得12个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。

2. 违法辞退：若用人单位违反《劳动合同法》规定解除劳动合同，劳动者可以要求继续履行合同；若不要求继续履行或合同无法继续履行，用人单位需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。对于工作12年的员工，赔偿金则为24个月工资。

3. 劳动者有过错被合法辞退：若劳动者存在严重违反单位规章制度等法定过错情形，用人单位辞退劳动者无需支付经济补偿或赔偿金。

在处理此类问题时，建议用人单位明确辞退情形及对应补偿标准，依法依规处理辞退事宜，避免违法辞退带来高额赔偿。同时，劳动者也应了解自身权益，遇违法辞退时积极维权，可与单位协商或寻求法律帮助。若协商不成，可向劳动监察部门投诉，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可向人民法院提起诉讼。