上班穿拖鞋被罚款1000元是否合法，需根据具体情况分析。

1. 公司规章制度的规定：首先，公司是否有明确的规章制度规定员工上班不得穿拖鞋，以及违反该规定将处以罚款。若公司有此类规定，并且该规定已经过合法程序制定，向员工公示，且罚款金额合理，那么公司依据规章制度对员工进行罚款可能是合法的。但罚款金额过高，如1000元，可能超出合理范围，员工有权质疑其合法性。

2. 劳动法的相关规定：根据劳动法的相关规定，用人单位有权制定规章制度管理员工，但规章制度的内容必须合法、合理，且不得侵犯员工的合法权益。若公司规章制度中关于穿拖鞋罚款的规定违反了劳动法或其他相关法律法规，那么该罚款行为就是违法的。

3. 实际情况的考量：还需要考虑罚款的实际执行情况，如罚款是否经过正当程序，是否有明确的罚款通知和收据等。若公司在罚款过程中存在程序不当或侵犯员工权益的行为，员工也有权质疑罚款的合法性。

综上所述，上班穿拖鞋被罚款1000元是否合法，需综合考虑公司规章制度的规定、劳动法的相关规定以及实际情况的考量。若你认为罚款行为存在不合法之处，建议与公司进行沟通协商，或向劳动监察部门投诉举报，以维护自己的合法权益。