车辆被别人违法抵押后被法院查封，车主的利益仍然能够得到一定程度的保障。以下是对这一问题的详细分析：

1. 抵押与查封的关系：

   • 抵押是一种担保物权，确保债权人在债务人无法履行债务时，能够对抵押物享有优先受偿的权利。
   • 查封是司法程序中的一种重要措施，主要是为了限制财产的处分，避免财产被恶意转移、隐匿等情况发生，从而保障诉讼或者执行程序能够顺利开展。
   • 抵押和查封这两种措施并不相互排斥，它们在不同层面发挥着各自的作用。即使车辆已经被抵押，法院出于案件审理和执行的需要，依然可以对其进行查封。

2. 查封后的影响：

   • 查封之后，车辆的所有权并不会发生改变，抵押权人的优先受偿权依然受到法律保护。
   • 在查封期间，车辆的转移、过户等处分行为将会受到严格限制，车主不能擅自将车辆卖给他人并办理过户手续。

3. 车主的利益保障：

   • 当案件后续进入执行阶段时，法院在处置该查封车辆时，会充分保障抵押权人的优先受偿权。具体来说，在通过拍卖、变卖车辆获得价款后，会首先用于清偿抵押权人所担保的债权，剩余的部分才会用于清偿其他债务。
   • 如果车主认为查封行为违反法律规定，可以向负责执行的法院提出书面异议。如果异议被驳回，车主还可以向上一级人民法院申请复议。

4. 建议与措施：

   • 车主应尽快与法院联系，了解查封的具体原因和案件情况。
   • 如果车辆被违法抵押，车主应收集相关证据，如借款合同、抵押合同、车辆被抵押的证明等，以便在必要时维护自己的合法权益。
   • 车主可以考虑寻求专业律师的帮助，了解更多关于财产保护和法律救济的途径。

综上所述，虽然车辆被别人违法抵押后被法院查封会给车主带来一定的困扰，但车主的利益仍然能够得到一定程度的保障。车主应积极配合法院的工作，同时采取必要的措施来维护自己的合法权益。