建设项目验收后发现规划许可证违法，将涉及多重法律责任的处理。

一. 行政责任

根据《中华人民共和国行政许可法》的相关规定，行政机关违法实施行政许可，将面临行政责任的追究。对于违法审批建设用地规划许可证或建设工程规划许可证的行为，上级行政机关或监察机关有权责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。如果违法审批行为导致严重后果，如造成土地资源浪费、影响城市规划等，相关责任人员还可能面临更严厉的行政处分，如降级、撤职等。

• 例如，某建设单位在验收后发现所取得的规划许可证是违法审批的，那么审批该许可证的行政机关及其工作人员就可能因此受到行政处分。

二. 国家赔偿责任

根据《中华人民共和国行政许可法》第七十六条，行政机关违法实施行政许可，给当事人的合法权益造成损害的，应当依照国家赔偿法的规定给予赔偿。因此，在建设项目验收后发现规划许可证违法的情况下，如果因此给当事人（如土地使用权人、开发商等）造成了经济损失或其他合法权益的损害，行政机关应当承担相应的赔偿责任。

• 例如，某建设单位因违法审批的规划许可证导致项目被拆除或改建，由此产生的经济损失应由行政机关依法赔偿。

三. 刑事责任

在极端情况下，如果行政机关工作人员在审批规划许可证过程中存在严重违法行为，如收受贿赂、滥用职权等，并构成犯罪的，将依法追究刑事责任。这意味着相关责任人员可能面临刑罚的制裁，如有期徒刑、罚金等。

• 例如，某规划部门工作人员因收受开发商贿赂而违法审批规划许可证，导致严重后果的，该工作人员将面临刑事责任的追究。

四. 违法建设的处理

对于已经建成的违法建设项目，城乡规划主管部门将根据具体情况采取相应的处理措施。根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条的规定，可能包括责令停止建设、限期改正、限期拆除、没收实物或违法收入以及建设工程造价相应比例罚款等。

• 例如，某建设单位在验收后发现其项目未取得建设工程规划许可证或未按照许可证规定建设，城乡规划主管部门将责令其停止建设，并视情况采取改正、拆除或没收等措施。

综上所述，建设项目验收后发现规划许可证违法将涉及多重法律责任的处理。我建议相关当事人及时咨询专业律师以了解具体的法律后果和应对策略。如有进一步需要，您可以继续咨询我。