工程款专户在一定条件下可以被冻结。具体来说：

1. 一般情况下不得冻结：农民工工资专用账户是施工总承包单位在银行开立的，专项用于支付农民工工资的专用存款账户。原则上，在人民法院执行中，专用账户资金不得因支付为本项目提供劳动的农民工工资之外的原因被查封、冻结或者划拨。

2. 可以被冻结的情形：

   • 工资保证金账户中超出工资保证金主管部门公布的资金存储规定部分，人民法院经认定可依法采取冻结或者划拨措施。
   • 案涉工程项目已竣工，且经查询确认不拖欠农民工工资，或者无法查清是否拖欠农民工工资时，根据相关规定，人民法院可以依法对两类账户采取预冻结措施。在工程完工且未拖欠农民工工资，监管部门按规定解除对两类账户监管后，预冻结措施自动转为冻结措施，并可依法划拨剩余资金。

3. 风险防范建议：

   • 建设单位和总承包单位在开设和使用两类账户时，应规范账户名称及账户交易，严格审查账户设立程序及申请资料，并妥善保管账户使用资料，以确保账户的安全和合规性。

综上所述，工程款专户（特别是农民工工资专用账户）在特定条件下是可以被冻结的。因此，相关单位应加强对账户的管理和风险防范，以确保农民工工资的及时支付和账户资金的安全。如有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。