当施工合同的专用条款与其补充条款内容不一致时，我们首先要明确的是合同文件之间的优先顺序。在大多数情况下，施工合同会明确列出合同文件的解释顺序，这通常包括协议书、专用条款、补充条款（如果有的话）、通用条款等。

根据这个解释顺序，专用条款通常优先于通用条款和补充条款（如果补充条款没有特别说明其优先性）。这是因为专用条款是发包人与承包人根据具体工程实际，经协商达成一致意见的条款，它往往是对通用条款的具体化、补充或修改。因此，当专用条款与补充条款或其他条款内容不一致时，法院和仲裁机构通常会优先适用专用条款。

然而，也需要注意到，有些施工合同可能会通过特别的约定来改变这种优先顺序。例如，合同可能会明确规定补充条款的某些内容优先于专用条款。在这种情况下，就需要根据合同的特别约定来确定优先顺序。

此外，还需要注意的是，如果补充条款是对专用条款的进一步细化或解释，并且与专用条款的内容并不冲突，那么这两者是可以同时适用的。但如果补充条款与专用条款在内容上存在直接的冲突或矛盾，那么就需要根据合同文件之间的优先顺序来确定应该适用哪个条款。

综上所述，当施工合同的专用条款与其补充条款内容不一致时，我们应该首先查看合同文件之间的优先顺序，并根据这个顺序来确定应该适用哪个条款。如果合同没有明确的优先顺序或存在特别的约定，那么就需要根据具体的合同条款和法律规定来进行判断和处理。