处理双方子女关系，尤其是当双方均为现役军人时，可能涉及到多个层面的考量，包括法律、情感、家庭责任等。虽然您提供的参考信息主要聚焦于禅城区父母双方为现役军人所生子女的出生登记流程，但我可以基于这一背景，给出一些更广泛的处理双方子女关系的建议：
一、法律与行政层面
明确法律责任：双方作为父母，无论是否现役军人，都有抚养、教育子女的法律责任。应了解并遵守相关法律法规，如《中华人民共和国未成年人保护法》、《中华人民共和国户口登记条例》等，确保子女的合法权益得到保障。
办理相关手续：如您所提到的出生登记，是确保子女法律身份的重要步骤。双方应积极配合，按照当地政策要求，准备好所需材料，及时为子女办理出生登记、户口迁移等手续。
协商抚养安排：如果双方因工作、生活等原因无法共同抚养子女，应协商确定抚养安排，包括抚养权归属、探视权等，并尽可能以书面形式固定下来，以减少未来可能的纠纷。
二、情感与沟通层面
保持沟通：双方应保持良好的沟通，共同关注子女的成长和发展。可以通过电话、视频通话等方式，定期与子女保持联系，了解他们的需求和感受。
共同教育：虽然双方可能因工作原因无法长时间陪伴子女，但仍应共同承担教育责任。可以协商制定教育计划，关注子女的学习进度和品德培养。
传递爱与关怀：让子女感受到来自双方的爱与关怀是非常重要的。可以通过寄送礼物、写信、打电话等方式，表达对子女的思念和关心。
三、家庭责任与支持层面
分担家庭责任：双方应共同分担家庭责任，包括经济支持、家务劳动等。可以协商确定各自的责任范围，确保家庭运转顺畅。
寻求支持：如果双方因工作等原因无法亲自照顾子女，可以考虑寻求家人、朋友或专业机构的帮助。如聘请保姆、送子女到托儿所等，以确保子女得到妥善照顾。
关注子女心理健康：双方应关注子女的心理健康状况，及时发现并解决问题。可以定期与子女进行心理沟通，了解他们的内心世界和需求。
综上所述，处理双方子女关系需要综合考虑法律、情感、家庭责任等多个方面。双方应保持良好的沟通与合作，共同为子女的成长和发展创造有利条件。同时，也要根据实际情况灵活调整抚养安排和教育计划，以确保子女的身心健康和全面发展。