农民工工资保函是指，银行根据承包商的申请，承诺在劳务用工合同项下或遵循工程所在地政府的相关要求，确保按时、足额向参与工程建设的施工人员支付工资的书面保证。这种保函的主要目的是缓解企业的财务压力，并保障农民工能够如期、足额、及时地收到其应得的工资。

具体来说，农民工工资保函的运作机制是，由银行作为第三方，为承包商提供一份书面的承诺，保证在特定的合同条件下，如果承包商无法按时支付农民工工资，银行将承担起支付责任。这样，即使承包商面临资金困难或其他问题，农民工的工资也能得到保障。

此外，根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，施工总承包单位有义务按照有关规定存储工资保证金，这笔保证金是专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。而工资保证金可以采取差异化存储办法，对一段时间内未发生工资拖欠的单位，可以采取减免措施；对发生工资拖欠的单位，则适当提高存储比例。值得注意的是，工资保证金还可以用金融机构的保函来替代。

总的来说，农民工工资保函是一种有效的保障机制，旨在确保农民工的合法权益得到保护，避免工资被拖欠的问题。如果农民工遇到工资被拖欠的情况，他们可以通过与用人单位协商、向劳动争议调解委员会申请调解、向劳动争议仲裁委员会提起仲裁或向法院提起诉讼等途径来维护自己的权益。