针对“员工不肯签保密协议怎么办”这一问题，以下是我的专业解答：
首先，明确结论：员工不肯签保密协议时，用人单位不能强迫其签订，而应通过沟通、调整协议内容或采取岗位调整等合法合规的措施来处理。
具体分析：
沟通解释：
- 与员工进行深入沟通，明确说明签订保密协议是为了保护公司的商业秘密及合法权益，同时也是员工应尽的义务。
- 向员工详细解释保密协议的内容，特别是违反保密义务的法律后果，以增强其签约的意愿。
调整协议内容：
- 如果员工对协议条款有顾虑，用人单位应结合公司实际情况和法律规定，对协议条款进行合理调整，以消除员工的担忧。
岗位调整或解除合同：
- 在沟通与调整协议内容后，如果员工仍然拒绝签订保密协议，用人单位应评估该员工的岗位涉密程度。
- 对于涉密程度较高的岗位，用人单位可以考虑对员工进行岗位调整，将其调至不涉及商业秘密的岗位。
- 如果员工所在岗位必须签订保密协议，且员工拒绝签订，用人单位可以依法解除与员工的劳动合同。但在此过程中，必须确保解除程序的合法性，避免引发劳动争议。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款。
- 同时，该法也规定了劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。这进一步强调了保密协议的重要性以及违反协议的法律后果。
总结：
处理员工不肯签保密协议的问题时，用人单位应秉持合法、合规、合理的原则，通过沟通、调整协议内容或采取岗位调整等措施来妥善处理。如果员工仍然拒绝签订且岗位必须签订保密协议，用人单位可以依法解除与员工的劳动合同，但务必确保解除程序的合法性。