在三方事故中，主责方为非机动车协商赔付后，仍然可以影响交强险的理赔。具体分析如下：

首先，交强险是机动车交通事故责任强制保险的简称，是由保险公司对被保险机动车发生道路交通事故造成受害人（不包括本车人员和被保险人）的人身伤亡、财产损失，在责任限额内予以赔偿的强制性责任保险。在三方事故中，无论主责方是机动车还是非机动车，交强险的理赔都遵循一定的原则和流程。

1. 交强险的赔付原则：

   • 交强险主要赔付因交通事故造成的第三方受害人的人身伤亡和财产损失。
   • 赔付时，会先考虑交强险的限额，超出限额部分再由其他保险或责任方承担。

2. 非机动车主责方协商赔付的影响：

   • 如果非机动车主责方已经与受害方达成了协商赔付，并且已经支付了部分或全部赔偿费用，那么这部分费用在交强险理赔时会被考虑进去。
   • 交强险在理赔时，会扣除非机动车主责方已经支付的赔偿费用，只在剩余的限额内进行赔付。

3. 特殊情况：

   • 如果非机动车主责方没有能力或拒绝支付赔偿费用，那么受害方仍然可以向交强险保险公司申请理赔。
   • 在某些情况下，如果非机动车主责方的赔偿能力有限，交强险保险公司可能会根据实际情况，在交强险限额内先行赔付，然后再向非机动车主责方追偿。

综上所述，三方事故中主责方为非机动车协商赔付后，仍然会影响交强险的理赔。因为交强险的理赔会考虑非机动车主责方已经支付的赔偿费用，并在剩余限额内进行赔付。如果非机动车主责方没有能力或拒绝支付赔偿费用，受害方仍然可以向交强险保险公司申请理赔。