在项目结果公示阶段被质疑资格审查证明材料有问题时，是可以进行澄清的。以下是对这一问题的详细解答：

1. 澄清的合法性：

   • 在项目结果公示阶段，如果相关方对资格审查证明材料提出质疑，被质疑方有权进行澄清。这是确保项目公平、公正、公开的重要一环，也是保护各方合法权益的必要措施。

2. 澄清的方式：

   • 被质疑方应当通过正式、书面的方式向项目组织方或相关监管部门提交澄清材料。澄清材料应当针对质疑点进行详细说明，并提供相应的证据或证明材料以支持自己的立场。
   • 在提交澄清材料时，被质疑方应当确保材料的真实性、准确性和完整性，避免提供虚假信息或隐瞒重要事实。

3. 澄清的时效性：

   • 被质疑方应当在项目组织方或相关监管部门规定的期限内提交澄清材料。如果逾期未提交，可能会被视为放弃澄清权利，或者导致质疑被视为有效。

4. 澄清后的处理：

   • 项目组织方或相关监管部门在收到澄清材料后，应当进行认真审查，并根据实际情况作出相应处理。如果澄清材料能够有效证明被质疑方的资格审查证明材料是真实、准确、合法的，那么质疑应当被驳回；如果澄清材料无法证明或者证明不充分，那么项目组织方或相关监管部门可能会进一步调查或者采取其他必要措施。

5. 法律建议：

   • 在面对资格审查证明材料的质疑时，被质疑方应当保持冷静、理性，积极应对。如果自身确实存在问题或者不足，应当主动承认并积极改正；如果自身没有问题或者已经提供了充分的证明材料，那么应当坚决维护自己的合法权益，通过合法途径进行澄清和申诉。
   • 同时，被质疑方也可以考虑寻求专业律师的帮助和支持，以便更好地应对质疑、维护自身权益。

综上所述，在项目结果公示阶段被质疑资格审查证明材料有问题时，被质疑方完全有权进行澄清，并应当通过正式、书面的方式提交澄清材料。在处理过程中，应当遵循相关法律法规和程序规定，确保自身权益得到有效保障。