未成年人犯罪封存制度在运行中确实面临一些困难，这些困难主要体现在以下几个方面：
与相关法律规定的衔接问题：
- 未成年人犯罪记录封存制度的初衷是去除涉罪未成年人的犯罪标签，为其复学、升学、就业等扫清障碍。然而，我国《教师法》、《商业银行法》、《公司法》等部门法中均禁止受过刑事处罚的人从事特定职业，这与封存制度存在一定冲突。如何协调这些规定，使封存制度得到有效实施，是当前面临的一个重要问题。
封存主体与封存程序不明确：
- 犯罪涉及到刑事诉讼活动的各个环节，包括侦查、起诉、审判、执行等。目前，只有法院的封存工作难以实现犯罪记录封存的目的，因为其他部门如公安机关、检察机关等也会留有相应的犯罪记录痕迹。刑诉法对犯罪记录的封存主体未作明确规定，导致公、检、法、司等相关单位在配合与衔接上存在困难。
与司法实践中的某些做法相冲突：
- 法院判决是公开的，未成年人犯罪的个人资料会在一定范围内公开，这可能会使犯罪记录封存制度打折扣。此外，如果犯罪嫌疑人又犯新罪，而前罪的附加刑罚尚未执行完毕，新罪的判决书中也会载明已经封存的前罪。这些情况都可能导致未成年人的犯罪记录被泄露。
对“有关单位”与“国家规定”等例外圈定不明晰：
- 《刑事诉讼法》第275条只对未成年人犯罪记录封存做出了原则性规定，但在具体操作上留有大量空白。其中，“有关单位”的范围不明确，“国家规定”指的是哪一层级也不具体。这导致在实践中，单位可能以法条的但书为由要求查询犯罪记录，从而使封存制度难以落到实处。
针对上述困难，我建议从以下几个方面进行改进：
- 完善法律法规：通过司法解释或指导性案例等方式，进一步明确未成年人犯罪记录封存的范围、查询程序以及封存主体和程序等。
- 加强部门协作：建立公安机关、检察机关、法院以及司法行政机关之间的信息共享平台和工作衔接机制，确保犯罪记录封存工作的顺利进行。
- 提高社会认知度：加强宣传教育，提高公众对未成年人犯罪记录封存制度的认识和理解，消除误解和偏见。
- 健全监督机制：加强司法机关内部的监督，同时拓宽外部监督渠道，形成全社会共同参与的监督格局，确保封存制度得到有效实施。
总之，未成年人犯罪封存制度是一项具有重要意义的司法制度，但在实务操作中确实存在一些问题。通过不断完善法律法规、加强部门协作、提高社会认知度和健全监督机制等措施，我们可以有效解决这些问题，保障该制度的顺利实施，切实保护未成年人的合法权益。