针对“凭证附件合同章不全”的问题，首先我们要明确的是，合同章作为合同的重要组成部分，其完整性对于合同的法律效力和后续执行具有至关重要的意义。若凭证附件中的合同章不全，可能会引发合同的有效性、执行性等一系列法律问题，甚至可能导致合同无效或产生纠纷。

处理此类问题，您可以按照以下步骤进行：

一、立即核查与确认

1. 仔细核查凭证附件中合同章的缺失情况，包括缺失的章节、页码或具体条款。
2. 与合同另一方或相关部门进行沟通，确认合同章的缺失是否确实存在，并了解缺失的原因。

二、评估影响与风险

1. 分析合同章缺失对合同整体法律效力的影响，以及可能带来的法律风险。
2. 评估缺失合同章对合同执行的具体影响，包括是否会影响合同履行、付款、交货等关键环节。

三、采取补救措施

1. 补充合同章：如果可能，尽快联系合同另一方或相关部门，要求补充缺失的合同章。这可以通过重新盖章、提供盖章的扫描件或电子版等方式进行。
2. 签署补充协议：如果合同章的缺失导致合同部分条款无法执行或存在法律风险，可以考虑与合同另一方签署补充协议，明确缺失合同章部分的条款内容，并约定双方的权利和义务。
3. 法律咨询：在处理过程中，如果涉及复杂的法律问题或纠纷，建议寻求专业法律咨询，以确保处理方案的合法性和有效性。

四、完善内部流程与制度

1. 对此次事件进行反思，分析内部流程和管理制度中是否存在漏洞，导致合同章缺失的问题发生。
2. 完善相关流程和制度，确保未来在合同起草、审核、签署和执行过程中，合同章的完整性和准确性得到有效保障。

五、持续跟踪与监督

1. 在采取补救措施后，持续跟踪合同章补充的进展情况，确保问题得到妥善解决。
2. 加强对合同执行过程的监督和管理，确保合同按照约定履行，避免出现类似问题。

综上所述，处理“凭证附件合同章不全”的问题需要谨慎而细致的操作。通过立即核查、评估影响、采取补救措施、完善内部流程与制度以及持续跟踪与监督等步骤，可以有效地解决这一问题，并确保合同的合法性和有效性。