企业工程款支付不能仅由董事长个人签字决定。

一. 工程承包协议的合法性要求

1. 承包人资格要求：根据相关法律规定，工程合同的承包人必须具有企业法人资格，同时持有工商行政管理机关核发的营业执照和建设行政主管部门颁发的资质证书，并在核准的资质等级许可范围内承揽工程。个人没有资格成为承包方，因此工程承包协议个人签订是无效的。

2. 无效合同情形：承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义与他人签订建设工程施工合同的行为均属无效。

二. 工程款支付流程与决策机制

1. 决策机制：在企业中，工程款的支付通常涉及多个部门和层级的决策，以确保资金使用的合规性和合理性。仅仅由董事长个人签字决定工程款支付，可能不符合企业内部的财务管理制度和风险控制要求。

2. 支付流程：一般来说，工程款的支付需要经过项目管理部门、财务部门等多个部门的审核和批准，确保支付金额与合同约定相符，且符合企业的财务规划和资金安排。

三. 建议与风险提示

1. 完善内部制度：我建议企业应建立完善的工程款支付制度和流程，明确各环节的职责和权限，确保支付决策的合法性和合理性。

2. 加强风险控制：在支付工程款时，企业应加强对承包方资质和合同履行情况的审核，避免与无资质或履约能力差的承包方合作，以降低潜在的法律风险和财务风险。

3. 合规性审查：对于任何涉及工程款的支付决策，企业都应进行合规性审查，确保支付行为符合相关法律法规和企业内部制度的要求。

综上所述，企业工程款支付不能仅由董事长个人签字决定，而应遵循企业内部的财务管理制度和风险控制要求，确保支付决策的合法性和合理性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。