当招标过程中出现两次流标的情况时，根据相关法律法规，可以采取以下处理措施：

首先，需要深入分析招标失败的具体原因。这包括但不限于招标文件编制是否存在问题、招标公告的发布范围是否广泛、招标条件设置是否合理、市场环境是否对招标项目有影响等。通过详细分析，可以找出导致流标的关键因素，为后续采取针对性措施提供依据。

在分析原因的基础上，招标人应当制定并实施相应的改进措施。例如，如果是因为招标文件编制不清晰或存在歧义，应当重新修订招标文件，确保其准确、完整、无歧义；如果是因为招标公告发布范围有限，应当扩大公告的发布范围，提高招标项目的知名度；如果是因为招标条件设置过高或不切实际，应当适当调整招标条件，以吸引更多潜在投标人参与。

完成改进措施后，招标人可以依法重新组织招标。在重新招标时，应当严格按照法定程序进行，确保招标过程的公开、公平、公正。如果重新招标后投标人仍然少于三个，对于必须审批、核准的工程建设项目，可以报经原审批、核准部门审批、核准后不再进行招标；对于其他工程建设项目，招标人可以自行决定不再进行招标，或者根据相关规定采取其他非招标方式进行采购。

此外，需要注意的是，在招投标过程中，如果申请采用非招标采购方式，采购人应当向相关部门提交必要的材料，并对材料的真实性负责。同时，采购人、采购代理机构应当按照相关法律法规规定组织开展非招标采购活动，并采取必要措施保证评审的严格保密性。

综上所述，当招标两次流标时，招标人应当冷静分析原因、制定改进措施，并依法重新组织招标或采取其他非招标方式进行采购。在整个过程中，应当严格遵守相关法律法规，确保招投标活动的合法性和规范性。