公司拖欠运输费用，你可以按照以下途径来处理：

首先，你可以尝试向当地人力资源和社会保障局劳动监察大队投诉。依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第九条，用人单位拖欠或未足额支付劳动报酬（包括运输费用等），劳动者有权向劳动行政部门投诉，劳动行政部门会依法处理，并向拒发报酬的用人单位发出《责令改正通知书》，要求其限期支付。

其次，如果投诉无果，你可以向当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条，你不愿调解、调解不成或达成调解协议后不履行的情况下，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付拖欠的运输费用。申请仲裁时，你需要提供相应的证据材料来支持你的主张，比如运输合同、运费结算单、银行转账记录等。

最后，如果你对仲裁裁决不服，还可以向人民法院提起诉讼。依据《中华人民共和国劳动法》第七十九条，你可以在仲裁裁决之日起十五日内向人民法院提起诉讼，要求用人单位支付拖欠的运输费用及可能的经济补偿。提起诉讼时，同样需要提供充分的证据来支持你的诉求。

在整个过程中，请务必保留好所有与运输费用相关的证据，以便在法律程序中维护你的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。