当被告在起诉后把营业执照注销了，这确实是一个相对复杂的情况，需要您根据具体情况来采取不同的应对措施。以下是一些详细的建议，希望能帮助您更好地处理这一问题：

首先，您需要查明被告的性质。被告是企业法人还是个体工商户？这将决定您后续的处理方式。

1. 若被告为企业法人：

   • 核实清算及注销登记情况：您需要查证被告公司是否经过了合法的清算程序，并收集了相关的清算文件。如果公司未经清算就办理了注销登记，那么您可以考虑起诉公司的股东、发起人或出资人，要求他们承担清偿责任。
   • 准备证据：收集所有与被告公司相关的证据，包括合同、往来邮件、财务资料等，以证明双方的权利义务关系和被告公司的相关行为。这些证据在诉讼中将起到至关重要的作用。
   • 确定适格被告：根据清算情况和注销登记的具体情形，准确确定适格的被告。如果公司已经依法清算且债权债务处理完毕，那么诉讼可能会因为被告主体不适格而被驳回。在这种情况下，您需要寻找其他可能的责任主体。

2. 若被告为个体工商户：

   • 个体工商户注销后，您可以直接起诉其经营者。准备与个体工商户及其经营者相关的证据，并按照法律程序进行诉讼。

3. 其他注意事项：

   • 追加主体：如果发现公司股东存在出资不实、抽逃出资等行为，或者股东在注销登记时承诺对公司债务承担责任，您可以考虑追加这些股东为被告。
   • 核查清算程序：如果公司进行了清算，您需要仔细核查清算程序是否合法。如果清算组成员存在故意或重大过失给公司或债权人造成损失的，他们应承担赔偿责任。
   • 法律咨询：在处理这类复杂案件时，建议您寻求专业的法律咨询。律师将能够根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导。

总之，当被告在起诉后注销营业执照时，您需要仔细分析情况并采取适当的应对措施。通过查明被告性质、准备充分证据、确定适格被告以及寻求专业法律咨询，您将能够更好地维护自己的合法权益。