当企业不再运营时，股东需要根据公司的具体情况和法律法规来妥善处理相关事宜。以下是一些建议供您参考：

一、清算公司

若公司决定终止经营，股东应组织清算。清算的具体步骤如下：

1. 成立清算组，负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。
2. 清算组需处理公司的债权债务，确保所有债务得到妥善解决。
3. 清算完毕后，向公司登记机关申请注销登记，完成公司的法定注销程序。

二、转让股权

如果股东不希望继续承担公司的潜在责任，可以选择将其持有的股权转让给其他股东或第三方。在转让股权时，应注意以下几点：

1. 遵循公司章程和相关法律法规的规定，确保股权转让的合法性。
2. 与受让方协商确定股权转让价格，并签订股权转让协议。
3. 办理股权转让手续，包括变更公司股东名册、更新公司章程等。

三、保留股东资格

若股东希望保留对公司的一定权益，可以选择保留股东资格。但需要注意的是，在公司不运作的情况下，股东可能需承担一些潜在的责任，如公司的债务等。因此，在做出这一选择前，股东应充分了解公司的财务状况和潜在风险。

四、特殊情况处理

如果公司已倒闭但不宣告破产，情况会相对复杂。此时，股东应与公司债权人、员工等各方协商，妥善处理公司的债务和员工权益问题。同时，要及时对公司的资产进行清算，并办理相关的注销手续，以避免产生不必要的法律风险和经济损失。

综上所述，当企业不再运营时，股东应根据公司的具体情况和法律法规来选择合适的处理方式。在处理过程中，股东应充分了解相关法律法规和公司章程的规定，确保处理方式的合法性和有效性。同时，股东还应积极与各方协商，妥善处理公司的债务和员工权益问题，以确保公司的平稳退出和各方利益的得到保障。