对于判处有罪但免于刑事处罚的干部，处理方式主要依据党纪处分条例和政务处分法来进行。
首先，根据《刑法》第三十七条的规定，对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚。这通常意味着，虽然行为已经构成犯罪，但因其性质、情节及危害后果相对较轻，且犯罪人已经认罪、悔罪，因此没有判处刑罚的必要。
对于这样的干部，根据党纪处分条例第三十一条，如果党员犯罪情节轻微，人民检察院依法作出不起诉决定的，或者人民法院依法作出有罪判决并免予刑事处罚的，应当给予撤销党内职务、留党察看或者开除党籍处分。这表明，即使免于刑事处罚，但因其已构成犯罪，党内必须给予相应的纪律处分。
同时，根据政务处分法第十四条，公职人员因犯罪被单处罚金，或者犯罪情节轻微，人民检察院依法作出不起诉决定或者人民法院依法免予刑事处罚的，予以撤职；造成不良影响的，予以开除。这意味着，在政务层面，这样的干部也将面临撤职或开除的处分，具体取决于其行为的严重程度和造成的影响。
在处理过程中，还应注意以下几点：
必须给予处分。被免予刑事处罚意味着已构成犯罪和严重违纪，因此不能因其免于刑事处罚就免除其应受的纪律和政务处分。
准确考量从宽处理情节。虽然自首、立功等从宽情节在刑事审判中可能已被充分考虑，但在追究纪律和政务责任时，仍需根据具体情况进行考量，以确保处理的公正性和合理性。
对公务员因受到刑事处罚被开除的，一般不宜仅以改判免予刑事处罚为由改变原处分决定。这体现了处分决定的稳定性和权威性，避免了因判决变化而随意改动处分决定的情况。
综上所述，对于判处有罪但免于刑事处罚的干部，应依据党纪处分条例和政务处分法给予相应的纪律和政务处分，以确保处理的严肃性和公正性。