车贷逾期已还清的情况下，银行卡被冻结，您仍然可以使用存折进行存款。具体分析如下：

一. 银行卡冻结的影响

1. 冻结的局限性：银行卡被冻结通常只影响该张银行卡的交易功能，如取款、转账等，但并不会影响您在其他银行账户或存折上的操作。
2. 存折的独立性：存折作为另一种存款凭证，与银行卡是独立的。因此，即使银行卡被冻结，您仍然可以使用存折进行存款和取款。

二. 存款方式的选择

1. 存折存款：由于银行卡被冻结，您可以选择使用存折在银行柜台或自助设备上进行存款操作。
2. 其他银行账户：如果您有其他未被冻结的银行账户，也可以考虑将资金存入这些账户中。

三. 法律建议

1. 确认冻结原因：虽然车贷已经还清，但建议您还是与银行联系，确认银行卡被冻结的具体原因，以便尽快解冻。
2. 资金安全：在存款时，请确保选择正规、安全的银行机构，并妥善保管好您的存折和相关信息，以确保资金安全。

综上所述，即使银行卡被冻结，您仍然可以使用存折进行存款。同时，建议您与银行联系确认冻结原因，并关注资金安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。