针对“有物业小区居民将污水排入雨水管哪个部门负责”的问题，结论如下：

主要由城镇排水主管部门负责处理。

具体解释如下：

1. 法律依据：

   • 根据《城镇排水与污水处理条例》第二十条，城镇排水设施覆盖范围内的排水单位和个人，应当按照国家有关规定将污水排入城镇排水设施。在雨水、污水分流地区，不得将污水排入雨水管网。
   • 该条例第四十九条进一步规定，违反规定将污水排入雨水管网的，由城镇排水主管部门责令改正，给予警告；逾期不改正或者造成严重后果的，还将面临罚款等处罚。

2. 责任主体：

   • 城镇排水主管部门是负责监督和管理城镇排水设施及污水处理的部门，对于违反排水规定的行为，具有执法权和处理责任。
   • 在实际操作中，如果发现有物业小区居民将污水排入雨水管网，城镇排水主管部门会进行调查处理，并根据具体情况采取相应的法律措施。

3. 其他相关方：

   • 物业服务企业也有责任对小区内的排水行为进行日常巡查，发现问题及时采取应急措施，并向相关部门报告。
   • 居民自身也应当遵守相关法律法规，不得将污水排入雨水管网，以维护公共环境和设施的正常运行。

综上所述，如果有物业小区居民将污水排入雨水管网，主要由城镇排水主管部门负责处理。同时，物业服务企业和居民自身也有相应的责任和义务，共同维护良好的排水环境和设施。如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。