土地出让合同变更协议确实需要缴纳印花税。以下是详细的分析和解释：
一、法律依据
根据《中华人民共和国印花税法》及其所附的《印花税税目税率表》，土地使用权出让书据被明确归类为产权转移书据的范畴。这意味着，凡涉及土地使用权的出让行为，包括其变更协议，都必须按照法律规定缴纳印花税。
二、纳税主体与税率
纳税主体：在土地出让合同及其变更协议中，出让方和受让方（包括通过变更协议成为新的受让方的项目公司）都是印花税的纳税义务人。
税率：印花税的计算依据是合同所载的金额。具体税率方面，按照价款的万分之五来征收。
三、特殊情况分析
对于母公司通过招拍挂取得土地后成立项目公司，由项目公司负责具体开发事宜的情况，如果母公司在《竞买申请书》中承诺后续相关权利义务由项目公司承继，并且在《国有土地使用权出让合同》中注明了相关条款，那么母公司可能不需要就土地合同缴纳印花税。但这种情况需要具体分析合同内容和相关约定。
四、实际操作建议
合同审查：在签订土地出让合同及其变更协议前，应仔细审查合同条款，确保明确纳税义务人和相关约定，以避免后续税务纠纷。
及时申报：在合同签订后，应及时向税务机关申报并缴纳印花税，以确保合规性。
咨询专业意见：对于复杂的税务问题，建议咨询专业税务机构或律师，以确保税务处理的准确性和合规性。
综上所述，土地出让合同变更协议作为产权转移书据的一种，其出让方和受让方（包括新的受让方）均需按照合同金额的万分之五缴纳印花税。在实际操作中，应严格遵守法律法规，确保及时、准确地缴纳印花税，以避免可能的法律风险和经济损失。如果您有进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。