当法院收到被告申请笔迹鉴定后，会按照一系列严谨而有序的流程进行处理。以下是详细的步骤和注意事项：

一、初步审查与受理

1. 审查申请材料：法院会首先审查被告提交的笔迹鉴定申请，包括申请的理由、检材（即需要鉴定的笔迹材料）以及可能的样本（如被告本人的其他笔迹）。
2. 决定是否受理：如果申请符合法定条件，如申请理由合理、检材和样本具备等，法院将受理该申请，并通知双方当事人。

二、确定鉴定样本与机构

1. 质证与确定样本：在受理申请后，法院会组织双方当事人对检材和样本进行质证，确保样本的真实性和代表性。双方也可以协商确定或摇号选定鉴定机构。
2. 选定鉴定机构：鉴定机构应具备相应的笔迹鉴定资质和专业技术能力。法院会根据双方当事人的意见或依法指定一家合适的鉴定机构进行鉴定。

三、鉴定过程

1. 接收与鉴定：鉴定机构在接收法院委托后，会按照专业技术和法律规定对检材和样本进行笔迹鉴定。这包括比较书写动作、文字布局、书面语言特征等多个方面。
2. 出具鉴定意见：鉴定完成后，鉴定机构会出具详细的鉴定意见，说明检材与样本之间的相似度或差异，并给出是否属于同一人笔迹的结论。

四、鉴定意见的质证与采纳

1. 质证：双方当事人有权对鉴定意见进行质证，提出异议或补充意见。法院会组织双方进行充分的质证和辩论。
2. 采纳与判决：法院会根据鉴定意见、双方当事人的质证意见以及案件的其他证据，综合判断并作出相应的判决或裁定。

五、费用承担

笔迹鉴定费用通常属于其他诉讼费用，由当事人在诉讼过程中实际支出。法院可以根据案件的实际情况决定由当事人预交，待案件审理终结后，由败诉的当事人负担。

综上所述，法院收到被告申请笔迹鉴定后，会经过初步审查、确定样本与机构、鉴定过程、鉴定意见的质证与采纳以及费用承担等多个环节。整个流程旨在确保鉴定的公正性、准确性和合法性，以维护司法公正和当事人的合法权益。