自然人投资100%的控股有限公司可以换法人，需要按照一定流程办理相关变更手续。具体分析如下：

一. 变更法人的流程

1. 到公司注册地所管辖的工商部门办理执照变更：携带相关资料，如变更登记申请书、股东会决议、新法人的身份证明等，提交给工商部门。受理后，通常在5-10个工作日后可以领取新的执照。

• 例如，就像你更换身份证一样，公司也需要更新它的“身份证”（即营业执照）来反映法人的变更。

1. 到质量监督管理局办理企业组织机构代码证变更：同样携带相关资料，如新的营业执照、变更登记证明等，提交给质量监督管理局。受理后，一般在2-3个工作日后可以领取新的企业组织机构代码证。

• 这就像更新你的个人信息在各类官方机构中，确保所有信息都是最新且一致的。

1. 到税务部门变更登记证：携带新的营业执照、企业组织机构代码证等，到税务部门办理税务登记证的变更。

• 税务登记证是公司纳税的“身份证”，法人变更后也需要及时更新。

1. 变更公司基本户，变更公司法人的预留在银行的印鉴和公司资料：这一步是为了确保公司在银行的所有信息也是最新的，包括法人印鉴、公司账户信息等。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十四条，市场主体变更登记事项，应当自作出变更决议、决定或者法定变更事项发生之日起30日内向登记机关申请变更登记。
• 根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十八条，市场主体变更登记涉及营业执照记载事项的，登记机关应当及时为市场主体换发营业执照。

综上所述，自然人投资100%的控股有限公司换法人是一个涉及多个部门的手续办理过程，需要按照规定的流程和时间节点逐步完成。我建议在办理过程中，务必确保所有提交的资料都是真实、完整的，以避免因资料不全或错误而导致的延误。如有进一步需要，您可以继续咨询我。