不能代替。地籍调查表中的界址签章表是土地登记过程中的一项重要文件，它用于确认土地界址的准确性和相邻土地权利人的认可。而协议书虽然也是一种法律文件，但其内容和用途与界址签章表并不相同。

具体来说，界址签章表通常包括土地的界址点、界址线、相邻土地权利人的签字确认等信息，是土地登记机构进行土地登记、颁发土地证书的重要依据。而协议书则更多是用于约定双方或多方之间的权利义务关系，如合同协议、借款协议等。

因此，在土地登记过程中，界址签章表具有特定的法律效力和作用，不能简单地用协议书来代替。如果你需要了解更多关于土地登记或界址签章表的相关信息，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的解答。