汽车在市区被石子打个坑，赔偿方式主要取决于是否购买了相关保险以及具体的事故情况。以下是对此问题的详细分析：
一. 已购买车损险的情况
赔偿方式：若已购买车损险，则可向保险公司报案并由保险公司进行理赔。车损险的赔偿范围包括因碰撞、倾覆等造成的保险车辆损失，而车辆与路上石子的碰撞正属于此类情况。
报案与理赔流程：
- 发生事故后，应立即向保险公司报案。
- 保险公司会派查勘员前往现场进行拍照取证。
- 可将车辆送至修理厂，并联系保险公司让定损员来定损估价。
- 相关的理赔事宜可以委托修理厂代为办理。
注意事项：
- 保留好相关证据，如现场照片、定损报告等，以便在需要时提供证明。
- 与保险公司的沟通应保持顺畅，及时了解理赔进度和结果。
二. 未购买车损险的情况
赔偿方式：若未购买车损险，则无法通过保险公司获得赔偿。此时，需要分析事故的具体情况来确定赔偿责任。
事故责任分析：
- 如果石子是由于道路维护不善或其他人为因素造成的，可以尝试向相关责任方（如路政部门或施工方）索赔。但需要注意的是，路政部门或施工方通常没有赔偿的义务，因为撞到石块往往被视为个人不小心导致的。不过，可以就该问题进行反馈，要求路政部门或施工方关注路况及维修跟进。
- 如果石子是由于自然因素或不可抗力造成的，且无法确定具体责任方，则可能无法获得赔偿。
三. 其他建议
- 预防措施：为了避免类似事故的发生，建议驾驶员在行驶过程中保持注意力集中，注意观察路况，尽量避免行驶在石子较多的路段。
- 法律咨询：如果对赔偿事宜存在疑问或争议，可以寻求专业法律人士的帮助，以便更好地维护自身权益。
综上所述，汽车在市区被石子打个坑的赔偿方式主要取决于是否购买了相关保险以及具体的事故情况。已购买车损险的车主可以通过向保险公司报案并走理赔流程来获得赔偿；未购买车损险的车主则需要根据事故的具体情况来确定赔偿责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。