同一法人可以注册两家跨境电商公司。但在具体操作时，需要注意以下几点：

1. 法律法规遵守：首先，必须确保两家公司的注册和经营都严格遵守了相关的法律法规，包括公司法、商业法、税法以及跨境电商相关的特定规定。任何违法违规行为都可能导致法律责任和处罚。

2. 公司独立性：两家公司应作为独立的法律实体进行运营，各自拥有独立的财务、管理和业务体系。不能混淆两家公司的资产、负债和业务，以避免法律风险和财务混乱。

3. 避免关联交易风险：如果两家公司之间存在关联交易，如资金往来、业务合作等，必须确保交易的合法性和合规性，并遵循相关法律法规的要求进行披露和报告。否则，可能面临税务、反垄断等方面的法律风险。

4. 注册流程与要求：在注册两家跨境电商公司时，需要按照相关部门的流程和要求进行办理，包括提交必要的文件、资料，并满足注册资本、经营范围等方面的要求。同时，也需要注意跨境电商行业的特殊规定，如海关、外汇管理等。

综上所述，同一法人可以注册两家跨境电商公司，但在实际操作中需要严格遵守法律法规，确保两家公司的独立性和合规性，并避免关联交易风险。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。