清算时下属企业的处理方式会依据具体的清算类型（如破产清算、重组清算等）和企业的实际情况而有所不同。但一般来说，以下是一些通用的步骤和建议，这些步骤和建议是基于国务院国有资产监督管理委员会的相关文件精神，同时参考了清产核资的一般流程：

一、明确清算目标和原则

1. 目标：清算的主要目标是明确企业的资产、负债状况，为后续的资产处置、债务清偿或企业重组提供依据。
2. 原则：依法规范操作，确保清算过程公平、公正、公开；同时，要维护企业和社会稳定，避免引发不必要的纠纷和损失。

二、组织清产核资

1. 资产清查：对下属企业的全部资产进行全面清查，包括固定资产、流动资产、无形资产等，确保账实相符。
2. 产权界定：明确各项资产的产权归属，确保资产处置的合法性。
3. 价值重估：对需要评估的资产进行价值重估，以反映其真实价值。
4. 资金核实：核实企业的资金状况，包括现金、银行存款、应收账款等，确保资金安全。

三、制定清算方案

1. 方案内容：根据清产核资的结果，制定详细的清算方案，包括资产处置、债务清偿、人员安置等方面的内容。
2. 方案审批：清算方案需经过相关利益方的审议和批准，确保方案的合理性和可行性。

四、实施清算

1. 资产处置：根据清算方案，对下属企业的资产进行处置，如出售、转让、拍卖等。
2. 债务清偿：按照法定程序清偿企业的债务，确保债权人的合法权益得到保障。
3. 人员安置：妥善安置下属企业的员工，确保他们的合法权益得到保障。

五、监督与反馈

1. 监督：在清算过程中，要加强监督和管理，确保清算工作的顺利进行。
2. 反馈：及时将清算进展情况和结果反馈给相关利益方，确保他们的知情权得到保障。

六、特殊事项处理

1. 涉及多元股东：如果下属企业为多元股东结构，需要依照法定程序进行清算，并确保各股东的合法权益得到保障。
2. 政策优惠：在清算过程中，如果符合相关政策规定，可以申请享受相应的契税减免、不良资产核销等政策优惠。

综上所述，清算时下属企业的处理需要遵循一定的步骤和原则，确保清算工作的顺利进行和各利益方的合法权益得到保障。同时，也需要根据企业的实际情况和清算类型进行灵活处理。