关于《公司法》与《外商投资法》施行后的财务处理问题，以下是根据相关通知内容为您提供的详细解答：

一、以公积金弥补亏损问题

1. 依据与限额：

   • 公司可以根据《公司法》第二百一十四条的规定，使用公积金弥补亏损。
   • 弥补亏损应以本公司经审计的上一年度（不早于2024年度）个别财务会计报表为依据，以期末未分配利润负数弥补至零为限。
   • 先依次冲减任意公积金、法定公积金，仍不能弥补的，可以以下列行为净增加的资本公积金数额为限弥补亏损。

2. 可用于弥补亏损的资本公积金来源：

   • 接受用货币，或实物、知识产权、土地使用权、股权、债权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。
   • 接受以代为偿债、债务豁免方式，或者以货币、实物、知识产权、土地使用权捐赠方式进行的资本性投入。

3. 特定限制：

   • 依照国家有关规定属于特定股东专享或限定用途的资本公积金不得用于弥补亏损，取得权属方同意的除外。
   • 属于附带条件导致增加的资本公积金数额可能出现变动的，需待数额固定后才能弥补亏损。

4. 决策与披露：

   • 公司应制定公积金弥补亏损方案，形成董事会决议，提交股东会审议。
   • 股东会审议未通过的，公司不得以公积金弥补亏损。
   • 使用资本公积金弥补亏损的公司应自股东会作出决议之日起三十日内通知债权人或向社会公告，并在财务报表附注的“未分配利润”项下单独披露使用数额。

5. 调整要求：

   • 2024年7月1日《公司法》施行以来，公司以公积金弥补亏损不符合本通知要求的，应当调整至满足本通知要求。

二、以非货币财产作价出资问题

1. 资产评估：

   • 接受股东以实物、知识产权、土地使用权、股权、债权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产出资的，应当按照相关规定进行资产评估。

2. 内部决策程序：

   • 按照设立、增资、合并、分立等事项的相关规定履行内部决策程序。

3. 关注因素：

   • 对股东投入的非货币资产，公司应当结合资产特点，充分关注可能影响资产权益实现的各类因素，必要时可以取得法律意见书。

三、储备基金、企业发展基金、职工奖励及福利基金余额处理问题

1. 公积金提取：

   • 适用《公司法》组织形式、组织结构及其活动准则的外商投资企业，应当根据《公司法》规定提取法定公积金、任意公积金。
   • 储备基金结余转为法定公积金管理使用，企业发展基金结余转为任意公积金管理使用。

2. 职工奖励及福利基金：

   • 按照提取时确定的用途、使用条件、程序使用。
   • 清算时，按照相关规定执行。

3. 停止计提：

   • 外商投资企业自2025年1月1日起不再计提储备基金、企业发展基金、职工奖励及福利基金。
   • 2025年1月1日后计提的应予冲回。

希望以上解答能够帮助您更好地理解《公司法》与《外商投资法》施行后的财务处理问题。如果您在执行过程中遇到任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向相关部门反映或咨询专业律师或会计师的意见。