如果行政单位收到协助调查函后不予配合，可能会面临一系列的法律后果。这些后果主要取决于具体的法律法规以及行政规定，但通常可能包括以下几点：

1. 行政责任：

   • 行政处罚：行政单位若拒绝配合协助调查，可能会受到相关行政机关的行政处罚，如警告、罚款等。这是因为协助调查是行政机关之间为了履行法定职责而进行的合作，拒绝配合可能被视为妨碍公务。
   • 行政处分：对于行政单位中的直接责任人员，如负责人或具体经办人，可能会受到行政处分，如记过、降职、撤职等。

2. 法律责任：

   • 如果行政单位的拒绝配合行为构成了违法行为，且情节严重，可能会触犯刑法，从而面临刑事责任。例如，如果拒绝配合导致调查无法进行，进而影响了案件的查处，那么相关责任人员可能会因妨害公务罪等罪名被追究刑事责任。

3. 影响行政单位的声誉和信誉：

   • 行政单位不予配合协助调查的行为，一旦被公开或曝光，可能会对该单位的声誉和信誉造成负面影响。这可能会影响该单位在未来的行政合作、项目申报、资金争取等方面的表现。

4. 其他潜在后果：

   • 除了上述直接的行政和法律责任外，行政单位不予配合还可能引发其他潜在的后果。例如，可能会导致与其他行政机关的关系紧张，影响未来的合作与交流；或者可能会引发社会舆论的关注和批评，对行政单位的形象造成不利影响。

综上所述，行政单位在收到协助调查函后，应当认真履行协助义务，配合调查工作。如果确实存在无法配合的情况，应当及时与发出协助调查函的行政机关沟通并说明原因，以避免不必要的法律后果。