有亲属关系的人能分别在工程甲乙方，但这种情况需要谨慎处理，以避免可能出现的利益冲突、不公平交易或腐败等问题。
首先，从法律角度来看，我国并没有明确的法律规定禁止有亲属关系的人分别在工程的甲乙方。在建设工程领域，甲乙方通常指的是发包方和承包方，他们之间的合作关系是基于合同约定而建立的。因此，只要双方符合法律规定的资质要求，且合同条款明确、公平，那么有亲属关系的人分别担任甲乙方的角色在法律上是被允许的。
然而，尽管法律没有明文禁止，但在实际操作中，有亲属关系的人分别在工程甲乙方可能会带来一系列潜在的问题。例如，可能会引发利益冲突，导致不公平的交易或决策；可能会破坏市场的公平竞争环境，损害其他参与者的利益；甚至可能滋生腐败现象，影响工程的顺利进行和工程质量。
因此，在实际操作中，如果确实存在有亲属关系的人需要在工程甲乙方分别担任角色，建议采取以下措施来规避潜在的风险：
加强监管：相关部门应加强对工程甲乙方的监管力度，确保合同的签订和执行过程公开、透明、合法。
完善制度：建立健全相关制度，明确禁止利用亲属关系进行不公平交易或腐败行为，并设立有效的举报和惩罚机制。
增强透明度：提高工程甲乙方的信息透明度，让公众和其他参与者能够了解工程的进展情况和相关决策过程。
引入第三方监督：可以引入独立的第三方监督机构，对工程的实施过程进行监督和评估，确保工程的公平、公正和合法。
综上所述，有亲属关系的人能分别在工程甲乙方，但需要在严格遵守法律法规的前提下，采取有效措施规避潜在的风险和问题。如果你在这方面有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。