技术合同认定登记工作主要由科学技术行政部门负责。具体来说：

1. 全国层面的管理：科学技术部负责管理全国的技术合同认定登记工作，制定相关政策和规定，并监督实施。

2. 地方层面的管理：省、自治区、直辖市和计划单列市的科学技术行政部门，负责管理本行政区划内的技术合同认定登记工作。它们会依据科学技术部的政策和规定，组织并开展本地区的技术合同认定登记工作。

3. 具体执行机构：地、市、区、县的科学技术行政部门会设立技术合同登记机构，这些机构具体负责办理技术合同的认定登记工作，包括接收申请、审查合同文本和相关附件、进行认定登记等。

因此，如果您需要办理技术合同认定登记，应该向所在地的技术合同登记机构提出申请，并按照相关规定提交所需的合同文本和相关附件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。