认定公司国企性质需要穿透。具体分析如下：

一. 国企性质认定的必要性

1. 国企的特殊性：国有企业，是指国务院和地方人民政府分别代表国家履行出资人职责的国有独资企业、国有独资公司以及国有资本控股公司，包括中央和地方国有资产监督管理机构和其他部门所监管的企业本级及其逐级投资形成的企业。由于国企在所有权、经营目标、社会责任等方面与非国企存在显著差异，因此对其性质的认定具有重要意义。
2. 防止滥用国企身份：穿透认定可以有效防止企业滥用国企身份，获取不应有的政策优惠或市场竞争优势，维护市场公平竞争秩序。

二. 穿透认定的法律依据

1. 《中华人民共和国企业国有资产法》：该法明确了国有企业的定义和范围，为穿透认定提供了法律依据。
2. 相关政策文件：国家相关部门发布的关于国企改革、国资监管等政策文件中，也强调了穿透式监管的重要性，要求对国企性质进行穿透认定。

三. 穿透认定的实践应用

1. 股权穿透：通过追溯企业的股权结构，了解企业的实际控制人和最终受益人，判断企业是否属于国企性质。例如，如果一家企业的最终受益人或实际控制人为国有单位，那么该企业很可能被认定为国企。
2. 业务穿透：分析企业的主营业务、收入来源等，判断其是否与国企的经营范围、业务特点等相符。如果企业的业务与国企高度相似或存在密切关联，也可能被认定为国企性质。

综上所述，认定公司国企性质时需要进行穿透认定，以确保国企性质的准确性和合法性。穿透认定不仅有助于维护市场公平竞争秩序，还能有效防止企业滥用国企身份获取不当利益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。