当单位霸占并毁坏农田时，赔偿问题的解决需严格遵循相关法律法规，以确保农民的合法利益得到有效保护。以下是对此问题的详细解答：
一、明确赔偿内容与标准
土地权益损失赔偿：
- 应计算被霸占农田的预期收益损失。这通常根据当地同类土地的平均亩产量和农产品市场价格来确定，再乘以被霸占的年限。
- 如果土地原本有租赁价值，那么还需参考周边类似土地的租赁价格来确定租金损失。
地上附着物损失赔偿：
- 对于青苗，应根据其种类、生长阶段以及当地政府制定的补偿标准来计算补偿金额。
- 如果有经济作物（如果树），应由专业机构根据树龄、产量等因素评估其价值，并进行相应赔偿。
- 对于农田上的建筑物，应根据其建设成本、折旧情况等进行评估，并确定赔偿金额。
土地恢复费用：
- 单位还需承担将土地恢复到可正常使用状态所需的费用，包括平整土地、改良土壤等。
特殊情况：
- 如果被霸占的是基本农田，那么赔偿标准通常会更高，具体应依据当地的相关规定来确定。
安置补助费（如适用）：
- 对于因农田被霸占而失去生活来源的农民，单位可能需要支付安置补助费，以确保农民的基本生活。
二、确定赔偿主体与方式
- 赔偿主体：单位作为霸占并毁坏农田的一方，应承担赔偿责任。
- 赔偿方式：
- 首选货币赔偿，即按照评估确定的金额一次性支付给农民。
- 在双方协商一致的情况下，也可以考虑其他合理的赔偿方式，如恢复土地原状、置换土地等。
三、赔偿流程与法律依据
赔偿流程：
- 双方应首先进行协商，明确赔偿事宜。
- 如果协商不成，农民可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等第三方进行调解。
- 调解无果时，农民可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》物权编明确保护土地权益，任何侵害土地权益的行为都需承担民事赔偿责任。
- 《中华人民共和国土地管理法》也明确规定禁止非法侵占土地，违规者需承担相应的法律责任。
四、维权建议与注意事项
- 保留证据：农民应妥善保留相关证据，如土地承包经营权证、土地被霸占前后的照片、证人证言等，以便在维权过程中使用。
- 了解政策：农民应了解当地具体的补偿标准和政策规定，以确保自己的权益得到充分保护。
- 积极维权：如果单位拒绝赔偿或赔偿不合理，农民应积极采取法律手段来维护自己的合法权益。
综上所述，当单位霸占并毁坏农田时，农民应明确赔偿内容与标准、确定赔偿主体与方式、了解赔偿流程与法律依据，并积极采取维权措施来保护自己的合法权益。