手机作为证明别人没有犯罪的证据，在案件调查结束后，通常会归还给原持有人。以下是详细的分析：
证据的使用与归还原则：
- 在刑事案件中，手机作为物证或书证被收集，主要是为了证明案件的某些事实，包括证明某人的无罪或罪责轻重。
- 一旦手机作为证据被提交给司法机关，如公安机关、检察院或法院，它们会根据案件的需要进行保管和使用。
- 当案件调查结束，且手机不再作为证据使用时，司法机关通常会按照法定程序将手机归还给原持有人。
归还的具体流程：
- 在案件侦查、审查起诉或审判阶段，如果手机被认定为与案件无关或已不再需要作为证据，司法机关会出具相应的证明文件。
- 原持有人或其代理人可以凭此证明文件到司法机关办理手机归还手续。
- 司法机关在确认无误后，会将手机归还给原持有人，并办理相关的归还登记手续。
特殊情况下的处理：
- 如果手机涉及其他未解决的刑事案件或民事纠纷，司法机关可能会暂时扣留手机，直至相关案件或纠纷得到妥善处理。
- 如果手机被认定为违禁品或涉及非法活动，司法机关可能会依法予以没收，而不是归还给原持有人。
综上所述，手机作为证明别人没有犯罪的证据，在案件调查结束后，通常会按照法定程序归还给原持有人。但如果涉及其他特殊情况，如未解决的刑事案件、民事纠纷或非法活动等，手机的归还可能会受到一定影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。