商家被洪水淹没，政府一般没有直接的赔偿义务，但商家可以向政府申请自然灾害救助补助。以下是对此问题的详细分析：

1. 政府救助的原则与依据：

   • 在我国，面对自然灾害时，遵循的原则是“依靠广大人民群众以及各种集体组织的力量，开展生产自救与互相帮助的活动，同时，国家也会提供必要的救助支持”。
   • 根据《自然灾害救助条例》第四条，县级以上人民政府应当将自然灾害救助工作纳入国民经济和社会发展规划，并建立健全与自然灾害救助需求相适应的资金、物资保障机制。这意味着，政府有义务在自然灾害发生后提供必要的救助支持。

2. 政府补助的申请与发放：

   • 商家在遭受洪水等自然灾害后，可以向当地人民政府申请自然灾害救助补助。
   • 政府会根据实际情况，对受灾商家进行评估，并依据相关规定发放救助补助。

3. 注意事项：

   • 商家在申请政府补助时，需要提供相关证明材料，如受灾情况报告、损失清单等。
   • 政府补助的发放标准和程序可能因地区而异，商家需关注当地政府的公告和通知。

综上所述，虽然政府没有直接的赔偿义务，但商家在遭受洪水等自然灾害后，可以向政府申请自然灾害救助补助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。