在商品房顶楼养鸡通常是不合法的。以下是我对这一问题的详细分析：

1. 法律法规角度：

   • 根据《城市市容和环境卫生管理条例》及相关地方性法规，通常禁止在居民区、城市公共区域等地方饲养家禽，因为这可能影响到城市的环境卫生、居民的生活质量以及公共秩序。
   • 商品房顶楼作为公共区域或业主共有部分，其使用应遵守相关法律法规和小区管理规定，不得擅自改变其用途或进行可能影响他人生活的活动。

2. 小区管理规定角度：

   • 大多数小区都有明确的管理规定或业主公约，其中往往会包含关于禁止在小区内饲养家禽的条款。
   • 即使小区管理规定中没有明确禁止养鸡，但考虑到养鸡可能带来的噪音、异味、卫生等问题，以及可能对其他业主造成的干扰，小区物业或业主委员会也可能会根据实际情况进行干预。

3. 邻里关系角度：

   • 在商品房顶楼养鸡很可能会影响到周围邻居的日常生活，如噪音干扰、异味飘散等。
   • 这可能导致邻里关系紧张，甚至引发纠纷。

综上所述，从法律法规、小区管理规定以及邻里关系等多个角度来看，在商品房顶楼养鸡通常是不合法的，也是不被鼓励的。如果你有相关需求或疑问，建议咨询当地城管部门或小区物业，以了解具体的法律法规和管理要求。同时，也请考虑其他业主的感受和利益，共同维护一个和谐、宜居的居住环境。